云居寺不僅藏有佛教三絕與千年古塔，而且珍藏著令世人矚目的佛祖舍利。舍利(佛教名詞)意為尸體或身骨。相傳釋迦牟尼遺體火化后結成的珠狀物。1981年11月27日在雷音洞發掘赤色肉舍利兩顆，這是世界上唯一珍藏在洞窟內而不是供奉在塔內的舍利，與中國北京八大處的佛牙、陜西西安法門寺的佛指，并稱為“海內三寶。為千年古剎增添一份祥光瑞氣。 解放后，黨和政府對云居寺給予高度重視。50年代末，利用三年時間對石經進行發掘整理，并組織專家對房山石經進行研究。出版了《房山石經影印本》和《房山石經題紀匯編》等一批研究著作。1974年房山區政府建立云居寺文管所，1988年擴編成云居寺文物管理處，為全民所有制事業單位。主抓云居寺文物保護、研究和利用工作。1987年10月，云居寺作為社會歷史類專題遺址博物館對國內外游人開放。1995年12月正式注冊登記為云居寺石經陳列館。 現在的云居寺已經成為國內外著名的佛教寺院，著名的宗教活動場所，享有“北方巨剎的盛譽。云居寺特有的幽靜地理環境，奇特迷人的秀麗風光，蘊涵著濃郁的佛教文化特色，是藏經納寶之地、祈福迎祥之所。