紙經現藏22000多卷，為明代刻印本和手抄本，包括明南藏、明北藏和單刻佛經等。而其中的《大方廣佛華嚴經》為妙蓮寺比丘祖慧刺破舌尖血寫成，被譽為“舌血真經，尤為珍貴。 《龍藏》木經始刻于清朝雍正十一年(1733年)至乾隆三年(1738年)，現存77000多塊，內容極為豐富，是集佛教傳入中國2000年來譯著之大成。堪稱我國木板經書之最。世界上現存兩部漢文大藏經，一部為云居寺現存的《龍藏》，另一部是韓國海印寺的《高麗藏》。 石經山海拔450公尺，山腰有9個藏經洞，其中雷音洞為開放式，洞內寬廣如殿，四壁鑲嵌經板大都是靜琬早期所刻。洞中有四根石柱，石柱上雕佛像1056尊，故稱千佛柱，九洞共藏經4196塊。石經山現存唐塔兩座，還有石鑿古井、隋唐碑刻等大批歷史遺存。為了便于游客上山觀光攬勝，云居寺于1999年10月24日開通了全長830米的石經山索道，在乘坐途中可一覽云居寺全貌及石經山四周優美的自然風光。